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diff --git a/drivers/pci/controller/dwc/pci-imx6.c b/drivers/pci/controller/dwc/pci-imx6.c
index c8d5c90aa4d4..3b24fed3177d 100644
--- a/drivers/pci/controller/dwc/pci-imx6.c
+++ b/drivers/pci/controller/dwc/pci-imx6.c
@@ -48,6 +48,8 @@
 #define IMX95_PCIE_SS_RW_REG_0			0xf0
 #define IMX95_PCIE_REF_CLKEN			BIT(23)
 #define IMX95_PCIE_PHY_CR_PARA_SEL		BIT(9)
+#define IMX95_PCIE_SS_RW_REG_1			0xf4
+#define IMX95_PCIE_SYS_AUX_PWR_DET		BIT(31)
 
 #define IMX95_PE0_GEN_CTRL_1			0x1050
 #define IMX95_PCIE_DEVICE_TYPE			GENMASK(3, 0)
@@ -206,6 +208,19 @@ static unsigned int imx_pcie_grp_offset(const struct imx_pcie *imx_pcie)
 
 static int imx95_pcie_init_phy(struct imx_pcie *imx_pcie)
 {
+	/*
+	 * ERR051624: The Controller Without Vaux Cannot Exit L23 Ready
+	 * Through Beacon or PERST# De-assertion
+	 *
+	 * When the auxiliary power is not available, the controller
+	 * cannot exit from L23 Ready with beacon or PERST# de-assertion
+	 * when main power is not removed.
+	 *
+	 * Workaround: Set SS_RW_REG_1[SYS_AUX_PWR_DET] to 1.
+	 */
+	regmap_set_bits(imx_pcie->iomuxc_gpr, IMX95_PCIE_SS_RW_REG_1,
+			IMX95_PCIE_SYS_AUX_PWR_DET);
+
 	regmap_update_bits(imx_pcie->iomuxc_gpr,
 			IMX95_PCIE_SS_RW_REG_0,
 			IMX95_PCIE_PHY_CR_PARA_SEL,
@@ -598,10 +613,9 @@ static int imx_pcie_attach_pd(struct device *dev)
 
 static int imx6sx_pcie_enable_ref_clk(struct imx_pcie *imx_pcie, bool enable)
 {
-	if (enable)
-		regmap_clear_bits(imx_pcie->iomuxc_gpr, IOMUXC_GPR12,
-				  IMX6SX_GPR12_PCIE_TEST_POWERDOWN);
-
+	regmap_update_bits(imx_pcie->iomuxc_gpr, IOMUXC_GPR12,
+			   IMX6SX_GPR12_PCIE_TEST_POWERDOWN,
+			   enable ? 0 : IMX6SX_GPR12_PCIE_TEST_POWERDOWN);
 	return 0;
 }
 
@@ -630,19 +644,20 @@ static int imx8mm_pcie_enable_ref_clk(struct imx_pcie *imx_pcie, bool enable)
 {
 	int offset = imx_pcie_grp_offset(imx_pcie);
 
-	if (enable) {
-		regmap_clear_bits(imx_pcie->iomuxc_gpr, offset, IMX8MQ_GPR_PCIE_CLK_REQ_OVERRIDE);
-		regmap_set_bits(imx_pcie->iomuxc_gpr, offset, IMX8MQ_GPR_PCIE_CLK_REQ_OVERRIDE_EN);
-	}
-
+	regmap_update_bits(imx_pcie->iomuxc_gpr, offset,
+			   IMX8MQ_GPR_PCIE_CLK_REQ_OVERRIDE,
+			   enable ? 0 : IMX8MQ_GPR_PCIE_CLK_REQ_OVERRIDE);
+	regmap_update_bits(imx_pcie->iomuxc_gpr, offset,
+			   IMX8MQ_GPR_PCIE_CLK_REQ_OVERRIDE_EN,
+			   enable ? IMX8MQ_GPR_PCIE_CLK_REQ_OVERRIDE_EN : 0);
 	return 0;
 }
 
 static int imx7d_pcie_enable_ref_clk(struct imx_pcie *imx_pcie, bool enable)
 {
-	if (!enable)
-		regmap_set_bits(imx_pcie->iomuxc_gpr, IOMUXC_GPR12,
-				IMX7D_GPR12_PCIE_PHY_REFCLK_SEL);
+	regmap_update_bits(imx_pcie->iomuxc_gpr, IOMUXC_GPR12,
+			   IMX7D_GPR12_PCIE_PHY_REFCLK_SEL,
+			   enable ? 0 : IMX7D_GPR12_PCIE_PHY_REFCLK_SEL);
 	return 0;
 }
 
@@ -775,6 +790,7 @@ static void imx_pcie_assert_core_reset(struct imx_pcie *imx_pcie)
 static int imx_pcie_deassert_core_reset(struct imx_pcie *imx_pcie)
 {
 	reset_control_deassert(imx_pcie->pciephy_reset);
+	reset_control_deassert(imx_pcie->apps_reset);
 
 	if (imx_pcie->drvdata->core_reset)
 		imx_pcie->drvdata->core_reset(imx_pcie, false);
@@ -966,7 +982,9 @@ static int imx_pcie_host_init(struct dw_pcie_rp *pp)
 			goto err_clk_disable;
 		}
 
-		ret = phy_set_mode_ext(imx_pcie->phy, PHY_MODE_PCIE, PHY_MODE_PCIE_RC);
+		ret = phy_set_mode_ext(imx_pcie->phy, PHY_MODE_PCIE,
+				       imx_pcie->drvdata->mode == DW_PCIE_EP_TYPE ?
+						PHY_MODE_PCIE_EP : PHY_MODE_PCIE_RC);
 		if (ret) {
 			dev_err(dev, "unable to set PCIe PHY mode\n");
 			goto err_phy_exit;
@@ -1391,7 +1409,6 @@ static int imx_pcie_probe(struct platform_device *pdev)
 	switch (imx_pcie->drvdata->variant) {
 	case IMX8MQ:
 	case IMX8MQ_EP:
-	case IMX7D:
 		if (dbi_base->start == IMX8MQ_PCIE2_BASE_ADDR)
 			imx_pcie->controller_id = 1;
 		break;